У автора, имхо, просто есть возможность выбирать: поставить ли АУ в числе жанров или, если их, к примеру, и так много, выполнить свой долг, оповестив читателя в предупреждениях. Можно даже ставить и там, и там :)

Изначально:

жанр AU - полная альтернатива, текст расходится с каноном в чем-то очень серьёзном (например, все действия переносятся из одного мира в другой или завязка сюжета канона изменяется на другую).

предупреждение AU - расхождения с каноном есть и не маленькие, но всё же не глобальные (изменён возраст персонажей, профессия, исход одного события и т.п.)

Но так как об этой разнице знают не все авторы, ориентироваться на неё сложно.

Я и забыл, но на самом деле и в форме поиска, и в форме редактирования фанфика приведены ссылки на справки по жанрам и по предупреждениям. И там можно прочитать ответ на ваш вопрос:

ReFeRy
Да все понятно. АУ Гарри девочка, или как в МРМ, или Лолдеморта нет. Предупреждение АУ - Шеклболт и есть Лолдеморт, Петуния ведьма, Гарри беднее Уизли.