Три рубля
Испарение жидкостей из живых тел же. На самом деле, с момента изобретения трансфигурации - могло и не успеть столько "неправильных молекул" или "неправильной материи" (если она вовсе немолекулярная) набежать. Тут вопрос спорный.

Тут надо заметить следующее: по твоему понятийно-кластерному посылу - должна быть живой. Потому что человек мыслит свинью как живое существо, способное к размножению, следовательно, совместимую с другой свиньёй, в том числе нетрансфигурированной. Это просто естественная часть понятия свиньи. Как минимум связанное с размножением будет если не копией, то совместимым с настоящей свинкой. Если бы магия (вычислитель) руководствовалась принципом наименьшего действия, то это была бы настоящая свинья, потому что зачем создавать ненастоящую совместимую, если проще скопировать, подкорректировав под нужное магу, настоящую? То же самое касается всех предметов, которые имеют бытовые функции и могут разрушаться. Маг бессознательно ожидает от них, что они будут... ну... как настоящие. По вычислениям дешевле просто скопировать настоящие, хех.
...но это именно по твоей концепции. А в отрыве от неё - вопрос очень интересный.

Начинай с самого сложного-граничного. Серьёзно, как разработчик не одной теории магии тебе говорю. Комплексный случай сразу будет посвечивать тебе, где идея не сработает, а где может сработать. А то ты проработаешь твёрдые и окажется, что несовместимо с этим, или с тем, или ещё с чем. Твоя идея сразу должна работать на сложном. Она может быть неполной, но на уровне концепции должна быть совместима с самыми комплексными магическими актами. Используй их как тесты. Проходит - ОК, можно прорабатывать дальше. Не проходит? В сторону, думаем дальше.

В том числе поэтому я сразу рассматриваю его как фундаментальный. Поэтому такой проблемы у меня нет. Сам же не можешь натянуть эмпиричность, ну!:)

И да, и нет. Вещество можно "мять" сторонней магией (чарами). Более того, в каноне мы не видели "непрерывной" трансфигурации, она всегда происходит рывком. Трансформация - нет. Непрерывных чар зато примеров - уйма, начиная с левитации с помощью вингардиум левиосы. Конечно, это не значит, что непрерывная трансфигурация невозможна, но это средней силы указание на.

Что касается расположения атомов, то что мы делаем в моей интерпретации чар как манипуляции внешним именем, окрашивая предмет в синий? Мы меняем взаимодействие (границу) между атомами предмета и внешними атомами. Почему нельзя эту границу установить ВНУТРИ предмета? На самом деле, можно, разрушающие заклинания так и должны работать. Репаро и вовсе манипулирует множеством предметов, превращая их в один или манипулирует предметом изнутри - но это же не трансфигурация, так? Равно как и алохомора манипулирует расположением одних частей относительно других, но это чары, а не трансфигурация. Видишь, да, где оно размывается? Почему алохомора, диффиндо и репаро чары, а трансформация - не чары? Вот я и утверждаю, что это место, где одно плавно переходит в другое. Чистая трансфигурация ЗАМЕНЯЕТ весь предмет. Частичная - часть предмета. Чистые чары меняют свойства предмета, не меняя его составляющую. Могущественные чары могут едва ли не исключить предмет из реальности (Фиделиус, незримое расширение, меч Гриффиндора в Шляпе), почти полностью отделяя его от вселенной, т.е. глубоко манипулируя отношением объекта и вселенной. Ну а между частичной трансфигурацией, которая уже начинает манипулировать не-совсем-целиком вещью и чарами, вмешивающимися в состав вещи, делящими её для манипуляций на части, и находится трансформация. Она ещё непрерывно сохраняет вещь как таковую, но уже меняет расположение каждой его части относительно друг друга. Диффиндо или редукто манипулируют ограниченным числом частей, трансформация - хоть всеми, там само деление на части свободное. Уже частичная трансфигурация может менять понемногу сущность вещи, но и далеко зашедшая трансформация достигает этого. Понимаешь, о чём я?