Интересная идея высказана в фанфике Tansan "Команда". Там это был эксперимент отдела Тайн, исключительно лабораторный (то есть генетически Хагрид, конечно, получеловек-полувеликан, но секса у человека с великаншей не было).
Еще один вариант (не помню где, увы) - мать Хагрида носила амулет, дававший ей человеческий облик (то есть она выглядела просто как высокая девушка). А потом что-то произошло, вроде даже уже после рождения Рубеуса, то ли с амулетом, то ли папа-Хагрид накосячил (ага, Иван-царевич шкурку сжег:) ) и она вернулась в свой обычный облик и вынуждена была уйти.