Люди делятся на тех, кто делает бэкапы и кто ещё их не делает.
Установка системы должна завершаться записью установленной и настроенной системы в образ. А образ — бэкапиться в доступное место. И после крупных обнов образ должен обновляться. Тогда подобные истории будут заканчиваться тем, что ты распакуешь систему из образа и, если что, пометишь какие-то там обновления как «не устанавливать».
Как-то так.