Rena Peace
Okay, по пунктам:

1. У меня остались вопросы по родословной, не дающие мне покоя. У вас Сита — всё-таки потомок доброй сестры или злого брата?
Злого брата.

2. Тоэль и Пало — и в каноне брат и сестра, или это ваша версия?
Моя версия. Но и семья Муски и семья Ситы носили родовое имя Ур Лапута -- правители Лапуты. Если перевести то Пало правитель Лапуты и Тоэль правитель Лапуты. Хозяином камня был(или была) Тоэль, потому что пока Сита не сняла печать, камень Муске не подчинялся.

3. Тоэль — мужчина, а Пало — женщина, или наоборот?
Тоэль — мужчина, Пало — женщина.

4. Или они одного пола вообще?
Разного.

5. Я правильно поняла, что Тоэль и Пало — это те самые последние правители Лапуты?
В моей версии Пало — королева, Тоэль — её генерал. Остальные жители Лапуты умерли(Могилы показаны) В моей версии близкородственные связи на изолированном острове были острой проблемой. Пало должна была стать женой человека с земли, чтобы «обновить кровь», но Тоэль был против, не хотел уступать чужаку ни сестру, ни власть. Он украл камень и сбежал. Это попытка объяснить, почему в каноне семья Ситы прятала камень и скрывала истинное имя. А Муска охотился за нею.

6. И если да, то как получились две разные ветви? Ваш ответ выше корректен.
В каноне происхождение неизвестно.